Affaire 28 : Meurtre en direct 
Tome 11 : Dossier 2: Mort en direct. Dossier 3: Un itinéraire imaginaire. Dossier 4: Flash spécial
Résumé : Kogoro Mouri a été invité à une émission télévisée intitulée : "Détective, regard sur le Japon", M. Takashi Matsuo et Melle Ayako Naga la présentent avec lui. Pendant l'émission, le producteur est assassiné d'une balle dans la tête dans une salle de réunion au quatrième étage (le plateau télé étant au neuvième). De plus, plusieurs autres balles ont été retrouvées dans le mur de cette même pièce. Conan a tout de suite des soupçons sur le présentateur de l'émission, M. Matsuo, mais le problème réside dans le temps ... Matsuo n'a pas pu se rendre cinq étages plus bas, tuer le producteur, puis remonter vers le plateau, tout cela en moins de quatre minutes (la plus grande coupure pendant l'émission). Quel stratagème, ce champion de tir a-t-il bien pu utiliser ? Comment Conan réussira-t-il à prouver sa culpabilité ?

Affaire 29 : Eri Kisaki
Tome 11 : Dossier 5: Un personnage-clé. Dossier 6: L'arme du crime. Dossier 7: Deux mystères
Résumé : Ran a rendez-vous avec une mystérieuse personne, qui compte beaucoup pour elle, dans un bar (elle dit à Conan qu'il s'agit de Shinichi !). Conan se glisse à ses côtés, voulant savoir coûte que coûte qui est cette personne. Ran pour essayer de le faire partir va lui acheter des gâteaux, Conan en profitte pour pour surveiller tous les gens qui rentrent dans le bar : Yuichi Sumeragi, une jeune femme brune, nerveuse et qui attend quelqu'un, puis, Yuichi Sumerugi, un étudiant venu travailler sur son mémoire, ensuite, Eri Kisaki, une belle avocate de 37 ans, Juzo Tonoyama, un rugbyman qui semble être un habitué des leiux, et, enfin, Shiro Wakaoji, un beau jeune homme de 21 ans. Chacune de ces personnes s'est rendue aux toilettes mais lorsque M. Wakaoji y est entré, il a trouvé Melle Himeno, le ventre transpercé par un couteau. La police ayant été prévenu, Conan participe à l'enquête avec l'aide précieuse de l'avocate Eri Kisaki. Qui a tué Melle Himeno ? Est ce la personne avec qui Ran avait rendez-vous ? Et qui est eri Kisaki, cette femme qui participe à l'enquête en se mettant elle-même en danger ?

Affaire 30 : Le Tengu de la brume
Tome 11 : Dossier 8: La pièce du jeûn. Dossier 9: Fleurs de cerisier et trous dans le mur. Dossier 10: Le pouvoir de lévitation
Résumé : Mouri, Ran et Conan ont crevé sur une petite route de montagne, ils cherchent un abri pour la nuit, qu'ils trouvent au temple Sendai, non loin de là. Le moine Tenei les accueille et lzur prése'nte les quatre moines élèves : Kannen, Tonnen, Mokunen et Shunen. Ce templeest connu pour une affaire étrange qui s'y est produite, il y a deux ans, un moine avait été retrouvé pendu au plafond de la pièce de l'ascète qui fait 10 mètres de haut, et de plus, un trou énorme avait été creusé à la base d'un des murs. La légende veut que ce soit le tengu de la brume qui les élève tout là-haut, la police, elle, avait conclut à un suicide du jeune moine. Cette nuit-là, la même affaire se déroule, c'est le moine Tenei qui est retrouvé pendu, mais, cette fois, Conan est sur les lieux pour faire toute la lumière sur cette étrange histoire...

Affaire 25 : Heiji Hattori
Tome 10 : Dossier 2: Le fameux détective de l'Ouest. Dossier 3: Deux raisonnements. Dossier 4: Le fameux détective de l'Est !? Dossier 5: Le détective de l'Est entre en scène !? Dossier 6: Un corps brûlant.
Résumé : Un jeune homme fait une entrée tonitruante dans le bureau du détective Mouri en expliquant qu'il recherche Shinichi Kudo. Il se présente comme étant Heiji Hattori, le détective lycéen de l'Ouest (il vient d'Osaka) en comparaison avec Shinichi, détective lycéen de l'Est. Peu après une femme entre et demande les services de Mouri, ils se rendent tous les 5 chez elle et trouve son mari mort, assassiné dans son bureau. Heiji et Conan se mettent à la recherche d'indices mais alors que Heiji pense avoir trouvé le meurtrier, Conan s'éffondre, il est brûlant de fièvre et Ran l'emmène dans une chambre à côté pendant que Heiji expose sa théorie. Mais alors que Heiji vient de prouver qui est le meurtrier, Shinichi apparaît dans l'encadrement de la porte et explique que les déductions d'Heiji sont fausses tout en exposant sa théorie. A la fin de son explication, il s'enfuit et peu de temps après il ressent une grande douleur et redevient Conan. Il comprend que c'est l'alcool de riz que lui avait fait boire Heiji qui lui a permis de retrouver sa taille mais son corps a créé des défenses immunitaires contre cet alcool ce qui l'empêche de regrandir à nouveau.

Affaire 26 : Le psychopathe de la bibliothèque
Tome 10 : Dossier 7: Un psychopathe rode. Dossier 8: Une personne de plus
Résumé : Un employé de la bibliothèque municipale : Kazuo Tamada, a mystérieusement disparu depuis 2 jours, ni sa femme, ni le directeur de la bibliothèque ne savent où le trouver, pourtant Conan porte tout de suite ses soupçons sur ce dernier. En effet, non seulement il a en sa possession des livres étranges importés de l'étranger, mais il a également un comportemant bizarre, il reste très tard le soir dans la bibliothèque sans raison particulière...

Affaire 27 : Le dernier message de la victime
Tome 10 : Dossier 9: La tragédie appelée par la tempête de neige. Dossier 10: Les dernières paroles. Tome 11 : Dossier 1: Une nappe bavarde
Résumé : Pendant leurs vacances au ski, Kogoro, Ran et Conan sont invités par un riche médecin dans son chalet. Il y a également tous les assistants de conférence à l'université du médecin. Une fois le dîner terminé, le professeur-médecin se rend dans sa chambre pour regarder un feuilleton dont il a l'habitude de ne rater aucun épisode. Puis les assistants vaquent à leurs occupations. Le professeur ne sortant pas de sa chambre, un des assistantes se rend dans sa chambre et le retrouve mort dans un position très inhabituelle, accroupie, un couteau planté dans le dos et les mains attachées, son regard semblant fixé une table dont la nappe, tachée de sang, a été rapidemment jetée par terre.

Affaire 22 : Les assassins de jeunes filles
Tome 9 : Dossier 1: Une cachette bien dangereuse. Dossier 2: Sur la bonne « voix ». Dossier 3: Hein ? Vraiment ?!
Résumé : Ayumi, Mitsuhiko, Genta et Conan jouent à cache-cache dans le parc. C'est au tour de Genta de chercher et Ayumi part se cacher dans le coffre d'une voiture en stationnement qui, bien évidemment, ne tarde pas à partir. Elle s'endort pendant quelques temps et lorsqu'elle se réveille, ses trois amis sont déjà à sa recherche et ils arrivent à communiquer avec elle grâce aux badges des Détectives Boys. Alors qu'ils la suivent en Skate board à moteur, elle trouve dans le coffre une tête de pettite fille et une valise avec beaucoup d'argent. Conan pense immédiatement aux enlèvements de petites filles qu'il y a eu récemment. Après de longues recherches basées sur les indications d'Ayumi, ils finissent par retrouver la voiture. Ils découvrent alors que les propriétaires de la voiture sont des comédiens et que la tête et les billets sont des faux.

Affaire 23 : Sanglantes retrouvailles
Tome 9 : Dossier 4: Les retrouvailles. Dossier 5: Un indice inattendu. Dossier 6: Figé comme Benkei
Résumé : Mouri retrouve lors d'une soirée organisée tous ses amis du club de karaté, il y a Yukio, le champion, Jun, l'inconditionnel, Yumi la manager, Noriko la co-manager et Kazushi le capitaine du club. Ils décident tous d'aller voir le grand feu d'artifice à 18H mais auparavant ils font un peu de tennis de table. Au moment de partir, le capitaine range les raquettes et les autres partent réserver des places, à leur retour, ils s'étonnent tous que la manager ne soit pas venu voir le feu d'artifice et lorsqu'il entre dans sa chambre, il la retrouve avec une balle dans la tête. A partir de ce moment, Conan prend les choses en mains.

Affaire 24 : Meurtres en série sans possibilité de fuir
Tome 9 : Dossier 7: Choisir un mari. Dossier 8: Une ombre qui s’approche. Dossier 9: Un cadavre de plus. Dossier 10: Un meurtre en série. Tome 10 : Dossier 1: Le décalage horaire
Résumé : La fille unique du groupe Yotsui, Reïka, fête ses 24 ans dans un lieu un peu reculé de Tokyo. Elle décide de se marier d'ici peu de temps et a invité pour l'occasion quelques prétendants. La fête s'achevant, les convives rejoignent leur voiture mais s'apercoivent que 6 d'entre elles ont été vandalisées. Les propriétaires qui sont les prétendants de la jeune fille décident de rester. Peu de temps après Reika disparaît et tout le monde part à sa recherche, il commence à pleuvoir, et lorsque Mouri, Ran et Conan retournent vers la maison, ils trouvent un corps inerte dans une petite fontaine. C'est en fait le corps d'un des jeunes gens, il est mort noyé. Il suit une longue recherche infructueuse pour retrouver Reika, et pendant ce temps le meurtrier essaie de noyer Ran ce qui échoue grâce au retour de Conan. Juste avant la fin du premier manga, Reika est retrouvé noyé dans la baignoire avec des marques de liens et de scotch aux jambes alors que toutes les pièces avaient été fouillées quelques heures avant.

Affaire 20 : Le baron de la nuit
Tome 8: Dossier 2: Le baron de la nuit. Dossier 3: Le virus de la terreur. Dossier 4: Sous le masque. Dossier 5: Les larmes de Ran. Dossier 6: Un mauvais tour de vent. Dossier 7: Le secret du point de chute.
Résumé : Le professeur Agasa offre un voyage à Conan, Ran et Mouri mais lorsqu'ils arrivent sur place, ils se rendent compte que seulement la moitié du séjour a été payé. En effet, ils ont été inscrits à un jeu qui consiste à trouver le baron de la nuit parmi les candidats et le vainqueur gagne les fraits du voyage. Le professeur avait pensé que cela ne poserait aucun problème à Conan pour démasquer le baron de la nuit mais les choses tournent mal et un des candidats est jeté de la fenêtre de sa chambre en costume du baron. Et auparavant, Conan avait été poussé d'un balcon pour atterir dans la piscine par une personne en costume.

Affaire 21 : La tragédie de la mariée
Tome 8: Dossier 8: La tragédie de la mariée. Dossier 9: Un thé au au citron de trop ?! Dossier 10: Le mobile du crime
Résumé : Melle Matsumoto, une ancienne prof de Ran, Sonoko et donc également de Conan, se marie le jour même et tous ses anciens élèves sont invités. Alors qu'elle se prépare avec l'aide d'une de ses amies, Sonoko et Ran la filment avec un caméscope, puis trois personnes viennent la voir, tout d'abord son père qui est le préfet de police et qui tente de la courager à épouser ce "fils à papa", puis un de ses anciens élèves qui semble malheureux de la voir de se marrier avec un autre que lui, et enfin le futur marié qui reproche Melle Matsumoto de boire constamment du thé chaud au citron. Peu de temps avant la cérémonie, juste après le départ de tout le groupe, la future mariée s'écroule empoisonnée à la soude caustique contenue dans sa canette de thé. Conan lui prodigue les premiers soins pendant que Ran part chercher une ambulance, très faible elle est emmenée à l'hôpital et l'enquête s'ouvre pour Conan, qui dans cette affaire faute de détective Mouri, il va utiliser Sonoko pour dévoiler la vérité.

Affaire 18 : La symphonie du clair de lune
Tome 7 : Dossier 2: Une invitation pour l’île au clair de Lune. Dossier 3: La malédiction du piano. Dossier 4: La partition laissée. Dossier 5: Le secret des feux de l’enfer. Dossier 6: Un bouton couvert de sang. Dossier 7: Le secret du nom !!
Résumé : Le détective Mouri a reçu une étrange lettre de Keiji Aso l'incitant à se rendre sur l'île au clair de Lune. Une fois là-bas, le trio découvre que l'auteur de la lettre est un pianiste célèbre, mort il y a douze ans en mettent le feu à sa maison et en y entraînant sa femme et sa fille. L'île est en pleine élection municipale et lors de la commémoration de la mort de l'ancien maire, le candidat le mieux placé est tué. Avant de trouver son corps près du piano, la symphonie du clair de lune se fait entendre, la même que celle qu'avait joué Keiji Aso avant de mourrir. Les meurtres s'enchaînent, tous les témoins du suicide(!) de M. Aso finissent par se faire tuer et chaque fois le meurtrier laisse une partition qui semble être un code. Finalement, Conan réussit à déchiffrer ce code et à élucider l'affaire, un peu tard peut-être?

Affaire 19 : Le kidnapping
Tome 7 : Dossier 8: La petite amie de Shinichi. Dossier 9: Détective Ran !? Dossier 10: Une durée de vie limitée. Tome 8 : Dossier 1: Enfin retrouvé
Résumé : Une jeune fille se présente au bureau du détecutive Mouri en espérant rencontrer Shinichi qu'elle déclare être son petit ami (ce qui met, évidemment, Ran en colère). Ran la suit finalement chez elle dans l'espoir de voir ce dernier pendant que Conan mène l'enquête pour apprendre la raison qui pousse cette fille à mentir. Il se rend compte qu'elle n'habite pas l'appartement qu'elle partage soi-disant avec son frère car il n'y a que des chaussures d'homme et d'enfant puis, après de nombreuses inspections, il découvre que l'enfant a disparu et que son grand frère (le petit ami de la jeune fille), qui joue dans l'équipe de football de Tokyo, doit perdre le match pour qu'il lui soit rendu...